Projekty
- 2017 – 2019 Člověk jako příroda: antropogenní dědictví v ekosystémech temperátních lesů
- 2017 – 2019 Skryté aktivity v horských oblastech. Archeologický a paleoekologický výzkum na Šumavě.
- 2015 – 2017 Vichřice v českých zemích za posledních 500 let
- 2016 – 2018 Původ diverzity středoevropské krajiny: rekonstrukce historických změn biodiverzity na základě pylových dat a prostorových modelů vegetace
Ukončené projekty
- 2014 – 2016 Propojení monitoringu prostředí, biologických procesů a hospodaření v rybnících: případová studie založená na využití stabilního systému senzorů
- 2012 – 2016 Dlouhodobá dynamika lesů ve střední Evropě: od odhadů k realistickému modelu
- 2012 – 2015 Rekonstrukce vegetace na základě pylových dat – testování modelu a jeho význam pro studium holocénních změn prostředí
- 2012 – 2015 Role půdní banky diaspor jako součást života extrémně ekologicky specializovaných efemérních mokřadních druhů rostlin
- 2012 – 2015 Výmladkové lesy jako produkční a biologická alternativa budoucnosti
- 2012 – 2015 Implementace vědy a výzkumu do výuky
- 2012 – 2013 Polyploidie, ekologická nika a demografický vývoj jednoletého mokřadního rostlinného druhu Cyperus fuscus
- 2009 – 2011 Vegetace České republiky: dokončení národního přehledu rostlinných společenstev
- 2008 – 2012 Nížinné lesy v perspektivě historického vývoje
- 2008 – 2012 Současné a historické změny na horských rašeliništích Sudet