Projekty 2019 – 2021 Aplikace znalostí o dlouhodobém vývoji lesa v lesnické praxi 2019 – 2021 Land use, sociální změny a lesy v pravěku střední Evropy. Modelovací přístupy k interakcím člověka a životního prostředí 2019 – 2022 Úloha milířišť z hlediska kulturního dědictví a ochrany krajiny 2019 – 2022 Obnova výmladkového hospodaření: cesta k diverzifikaci využití společenského, hospodářského a ekologického potenciálu středoevropských lesů 2019 – 2022 Zvýšení biodiverzity a podpora ekosystémových služeb v zemědělské krajině pomocí alternativních způsobů hospodaření na loukách a pastvinách 2018 – 2020 Agrolesnictví – šance pro regionální rozvoj a udržitelnost venkovské krajiny 2017 – 2019 Člověk jako příroda: antropogenní dědictví v ekosystémech temperátních lesů 2017 – 2019 Skryté aktivity v horských oblastech. Archeologický a paleoekologický výzkum na Šumavě. Ukončené projekty 2016 – 2018 Původ diverzity středoevropské krajiny: rekonstrukce historických změn biodiverzity na základě pylových dat a prostorových modelů vegetace 2015 – 2017 Vichřice v českých zemích za posledních 500 let 2014 – 2016 Propojení monitoringu prostředí, biologických procesů a hospodaření v rybnících: případová studie založená na využití stabilního systému senzorů 2012 – 2016 Dlouhodobá dynamika lesů ve střední Evropě: od odhadů k realistickému modelu 2012 – 2015 Rekonstrukce vegetace na základě pylových dat – testování modelu a jeho význam pro studium holocénních změn prostředí 2012 – 2015 Role půdní banky diaspor jako součást života extrémně ekologicky specializovaných efemérních mokřadních druhů rostlin 2012 – 2015 Výmladkové lesy jako produkční a biologická alternativa budoucnosti 2012 – 2015 Implementace vědy a výzkumu do výuky 2012 – 2013 Polyploidie, ekologická nika a demografický vývoj jednoletého mokřadního rostlinného druhu Cyperus fuscus 2009 – 2011 Vegetace České republiky: dokončení národního přehledu rostlinných společenstev 2008 – 2012 Nížinné lesy v perspektivě historického vývoje 2008 – 2012 Současné a historické změny na horských rašeliništích Sudet
